Также «Запорожцу» предшествовала разработка целого ряда прототипов: «Белка», НАМИ-059 со стеклопластиковым кузовом, прототип лёгкого вездехода НАМИ-049 и др., что позволило выработать требования к будущему автомобилю, отработать отдельные элементы конструкции и дизайна.
Хотя ЗАЗ имел «прародителя», в его конструкции хватало и оригинальных решений. Вместо кузова «фастбэк» (с крышей плавно переходящей в багажник) применили кузов «двухдверный седан» с чётко выделенным объёмом багажника. Заднее стекло было унифицировано с лобовым. Характерной чертой, которая подарила автомобилю прозвище «горбатый», стал выступающий моторный отсек. Шасси подверглось существенной реконструкции, в результате чего «городская» микролитражка стала вполне пригодна для проселочных дорог. А вот двери, как одна из наиболее сложных частей кузова, «перекочевали» с итальянского прототипа почти без изменений.
Трансмиссия и двигатель также были полностью отечественной разработкой (хотя последний и испытал определенное влияние со стороны силовых агрегатов «Жука» и Citroën 2CV). Кстати к разработке двигателя проявили интерес конструкторы, работавшие над легким транспортёром-амфибией ТПК. В конце концов, ЗАЗ и военную амфибию унифицировали по двигателю. Именно двигатель стал одним из главных недостатков первых моделей автомобиля, что было связано с его воздушным охлаждением. Он получился шумным, имел небольшой ресурс, в жаркую погоду перегревался. Это было исправлено с выходом в 1962 г. модификации ЗАЗ-965А: для улучшения воздушного охлаждения на боковинах кузова разместили накладки (на сленге заводчан - «тёрки Вассермана», названные в честь конструктора Г. М. Вассермана).